Ośrodek Badań Integracji Europejskiej prowadzi działalność badawczą w zakresie szeroko rozumianej integracji europejskiej. W początkowym okresie badania koncentrowały się na procesach integracyjnych zachodzących wewnątrz Wspólnot Europejskich. Wraz z procesem przekształceń w Europie i w Polsce zmieniał się profil badawczy. Podjęte zostały badania porównawcze - Wspólnota Europejska a kraje Europy Wschodniej, następnie rozszerzone o problematykę dostosowań gospodarki polskiej do integracji ze WE.

Obecnie głównym obszarem badań jest funkcjonowanie gospodarki polskiej w strukturach UE oraz strategia wejścia do Polski strefy euro.

Działania badawcze były i są realizowane w ramach wielu krajowych oraz międzynarodowych projektów. Rezultatem tej współpracy była seria spotkań, konferencji krajowych i międzynarodowych, a także publikacja książek, artykułów, "Working Papers" Ośrodka oraz wykonanie ekspertyz (m.in. w ramach Białej Księgi URM, Kosztów i Korzyści integracji - KIE). Tak bogata i różnorodna działalność mogła skutecznie rozwijać się dzięki finansowemu wsparciu: Komisji Wspólnot Europejskich, Komitetu Integracji Europejskiej, Uniwersytetu Gdańskiego oraz Komitetu Badań Naukowych

Ośrodek jest również organizatorem szeregu konferencji: 

• Konferencja oraz Gala Dnia Europy, „Europa wobec aktualnych wyzwań", Sopot, 19 maja 2016
• Konferencja i Gala Dnia Europy "Przyszłość Unii Europejskiej w kontekście Strategii 2020 - znaczenie dla Polski", Sopot, 12 maja 2015
• Seminarium z cyklu 10 seminariów na 10-lecie członkostwa Polski w Unii Europejskiej "Między rynkiem wewnętrznym a Unią Gospodarczą i Walutową. Gospodarcze konsekwencje integracji Polski z UE", Sopot, 8 października 2014
• Konferencja "10 lat Polski w Unii Europejskiej - ocena i perspektywy", Sopot, 14 maja 2014
• Konferencja oraz Gala Dnia Europy, „Członkostwo Polski w strefie euro. Wyzwania czy konieczność”, Sopot, 9 maja 2013,
• Konferencja z okazji 30-lecia Ośrodka Badań Integracji Europejskiej „Wyzwania i dylematy integracji europejskiej” połączona z nadaniem Tytułu Doktora Honoris Causa Profesorowi Wilhelmusowi Molle, Sopot 13-14 listopad 2013. 
• „Strategia członkostwa Polski w UE, Polska w Unii Europejskiej”, Sopot 2012
•  „Uwarunkowania i wyzwania Polskiej Prezydencji w 2011 r.” , Sopot, maj 2011 r.
• Cykl konferencji i spotkań naukowych z okazji 25-lecia OBIE UG Wspólnota Europejska po 50-ciu latach funkcjonowania – ocena i perspektywy", Ośrodek Badań Integracji Europejskiej, UG, 18 marzec 2008, 9 maj 2008 i 24-25 październik 2008
• „Wspólnota Europejska po 50-ciu latach funkcjonowania – ocena i perspektywy", Sopot, październik 2008,
•  „Polska w strefie euro”, OBIE i Wyższa Szkoła Bankowa w Gdańsku, Sopot 2004,
•  „Oblicza negocjacji”, Sopot, maj 2001
•  „Integracja Polski z Unia Europejską. Potencjalne efekty członkostwa”, OBIE i Katedra Jean Monnet, Sopot, listopad 1998

W okresie swojej działalności Ośrodek współpracował i współpracuje z wieloma  partnerami. Najważniejsi to:
 

1. Urząd Komitetu Integracji Europejskiej, Warszawa
2. Kancelaria Prezydenta Rzeczypospolitej
3. Kancelaria Premiera Rady Ministrów
4. Ministerstwo Finansów
5. Komisja Europejska 
6. Centrum Europejskie Uniwersytetu Warszawskiego.
7. European University Institute, Florence
8. Centre for European Studies, University of Essex
9. DIW - Berlin
10. Europa - Institut, Saarbruecken
11. Instytut Koniunktur i Cen HZ, Warszawa
12. Washington University, St. Louis
13. Aalborg University 
14. Kolegium Europejskie Natolin
15. Polska Akademia Nauk
16. Polskie Towarzystwo Ekonomiczne
17. KBC-Bank, Belgia
18. Grupa Lotos